Если Вы вносили какие-либо изменения в шаблон, то при автоматическом обновлении у Вас слетят все Ваши изменения и заменятся стандартными данными нашего шаблона, поэтому обновления необходимо устанавливать в ручном режиме...
Если в Вашем решении появились непонятные "иероглифы", т.е. проблемы с кодировкой, предлагаем Вам простой вариант решения данной проблемы =) Данный метод подходит только для тех, у кого решение и битрикс установлены в кодировке UTF-8