Для того , что бы составить свой список городов для выбора , вам нужно:

Импортировать справочник местоположений
Заполнить избранные местоположения

Как импортировать местоположения вы можете прочесть здесь

Управление избранными местоположениями осуществляется на странице Магазин > Настройки > Местоположения > Избранные местоположения, где для каждого сайта системы формируется собственный список:

(выбора типа виджета происходит в настройках модуля "интернет-магазин" , Настройки > Настройки продукта > Настройки модулей > Интернет-магазин)

Таким образом, на вашем сайте можно будет выбрать город, из списка избранных:

а так же , при оформлении заказа выбранный город будет автоматически подставляться в поле "местоположение".

Стандартно, выбранный город влияет только на оформление заказа, но этот функционал можно очень гибко использовать: 

1. Настроить разные контакты для разных городов
2. Задать любую контентную информацию для разных регионов, например рассмотрим раздел доставка, как известно там у всех всегда очень много информации, в которой не всегда просто разобраться. Теперь можно задать информацию о доставке для СПб одну, для Москвы другую, для регионов третью и т.д. В общем возможности ограничиваются только вашей фантазией.
3. Имея редакцию битрикс бизнес, можно настроить разные типы цен для разных городов.
4. Выбранный город автоматически применяется в корзине и при оформлении заказа, т.е. автоматически подтягивает привязанный к городу доставки 
   

При установке города создается массив, который в дальнейшем можно использовать в любых условиях на сайте: 


$_SESSION["USER_GEO_POSITION"]["locationID"] - ID местоположения в базе Битрикс 
$_SESSION["USER_GEO_POSITION"]["country"] - Страна 
$_SESSION["USER_GEO_POSITION"]["region"] - Регион 
$_SESSION["USER_GEO_POSITION"]["city"] - Город 

Также, функция интересна тем, что в отличие от большинства сайтов, Вам не будет вылезать надоедливое окно, если город определился автоматически. Окно выпадет только в том случае, если программа не смогла определить Ваш город. 

Что касается самого определения, мы используем базу городов от Яндекса, в чем ее преимущества: 
во первых Яндекс имеет достаточно большую и безотказную базу городов, во вторых если Вы авторизованы в Яндексе, то город автоматически подцепится, даже если он не определился. 

Пример: можно в шапку сайта вместо телефона вставить код и тогда он будет меняться в зависимости от выбранного города

<?if(($_SESSION["USER_GEO_POSITION"]["city"]) == "Санкт-Петербург"):?>
     <span class="heading">+7 (812) 123-45-67</span>
<?elseif(($_SESSION["USER_GEO_POSITION"]["city"]) == "Москва"):?>
     <span class="heading">+7 (495) 123-45-67</span>
<?else:?>
     <span class="heading">8 (800) 123-45-67</span>
<?endif;?>